1. 水產品(HS Code 03、1604、1605項下產品)自107年1月1日起實施系統性查核，通過系統性查核國家之水產品，可向本署申請輸入查驗。輸出國主管機關可至本署輸入食品數位化管理系統(稱IFDM，網址ifdm.fda.gov.tw)，填寫水產品安全管理體系等效性評估問卷，向本署申請系統性查核。
2. 已通過系統性查核國家：
通過系統性查核國家，其核准生產設施所生產之水產品，可向本署申請輸入查驗。請於相關表單之「製造廠代碼」欄位填具該批產品之核准工廠編號資訊，查驗合格後始得輸入。核准生產設施可至下方連結查詢。
3. 「未完成系統性查核程序國家得輸入之水產品號列」，暫可向本署申請輸入食品查驗。相關檔案可至下方查詢。
中國大閘蟹、菲律賓活蟳龍蝦須來自核准生產設施，請於相關表單之「製造廠代碼」欄位填具該批產品之核准工廠編號資訊，始得向本署申請輸入查驗，查驗合格後始得輸入。核准生產設施可至下方連結查詢。
4. 貝類產品應檢附含捕撈養殖地之官方衛生證明文件，中國大閘蟹應檢附官方衛生證明文件及「戴奧辛及戴奧辛類多氯聯苯」檢驗報告，始得向本署申請輸入查驗。相關規定可至下方連結查詢。
5. 其他邊境管制措施可至下方檔案查詢。
6. 如有其他主管機關如防檢局等之相關規定，亦應符合該些規定，始得輸入。