一、檢驗原理：
所謂基因改造生物（GMO），即是將某一個原生的物種，以人工的方法，轉殖接入其他物種的基因，或者是將該物種的基因做修飾改造後，所產生的新的物種。這個新物種就具備新的基因型(genotype 或DNA組成)，也因此會有新的性狀(或表現型phenotype)。基因改造食品就是以基因改造生物本身作為食品，或是成份中含有基因改造生物的食品。
一個物種的某一種性狀通常是因為它具備了某個(些)基因，而因為這個(些)基因表現(gene expression)，合成這個(些)基因的蛋白質(protein)，再由這個(些)蛋白質來具體呈現該性狀。
因此基因改造物種的檢驗，可檢驗是否具有外來的或是被修飾過的基因，以及檢驗是否有異於原物種的蛋白質表現，或是檢驗是否具有某種特性，例如耐除草劑、抗蟲的特性等，甚至有些基因改造物種，可以立即從外表看出，例如螢光魚等等。所以基因改造物種可以從三個層次來檢驗，就是DNA層次、蛋白質層次與表徵。
基因改造食品（GMF）通常無法從表徵加以辨識，因為經過加工處理過程（磨粉、乾燥、烘陪、油炸等），基因改造特性的表徵早已不復存在。
二、檢驗方法：
(一)基因改造食品的檢驗包括：定性檢驗（Qualitative test）與定量檢驗（Quantitative test）兩種：
(1).定性檢驗：
「定性檢驗」又稱為「鑑別試驗」，就是要檢驗出食品中是否含有某種基因改造食品的成分。使用尚未獲得衛生福利部核發許可的基因改造食品，或是被公告禁止供人類食用的基因改造生物做為食品或食品原料，在我國是違法的。因此我們必須要建立定性的檢驗方法以及檢驗能力，以監督、檢測這些不合法的基因改造食品，避免其流入食品市場中，以確保國民飲食安全。定性檢驗通常是以PCR或ELISA方法進行。定性檢驗（Qualitative test）流程如下：
1.利用檢測各轉殖品系之特定殖入基因來檢驗是否為某一轉殖品系之基因改造食品。
2.PCR為一種將DNA特定片段加以增幅放大，以利檢測某特定片段的技術。利用可偵測某一特定品系之引子（primers）進行PCR，來鑑別是否為（含）該品系基因改造食品。
3.當鑑別試驗無法有效判別時,可以進行確認試驗。確認試驗可為另一個PCR或以定序或是利用探針等方法。
4.利用檢測殖入之外來基因所表現的蛋白質來進行基因改造食品的定性檢驗。ELISA（enzyme-link immunosorbent assay，酵素連結免疫吸附分析）是一種利用連結酵素之抗體與抗原結合（蛋白質）後，因酵素活性而呈色的方法，可用來檢測是否含有某特定蛋白質。
(2).定量檢驗：
「定量檢驗」是要檢測某一食品中基因改造成分的含量有多少。
定量檢驗是為了因應各國的基因改造食品標示政策，確保消費大眾知的權利。例如目前需要標示的界限（標示基準）訂為3 %，那麼在某一食品中，基因改造食品的成分含量超過3 %時，就必須標示為「基因改造食品」。因此，為了有效監管食品業者的標示正確性，我們必須建立定量的檢驗方法。定量檢驗（Qualitative test）流程如下：
1.目前定量檢驗多以檢驗DNA的方式進行。亦有以檢驗蛋白質方法為之者（部份commercial kits），但僅能判定檢體中某基因改造作物含量是在某一特定比例之下或之上，不能真正定量該檢體中基因改造作物的含量。
2.同步定量PCR是一種藉由在PCR反應進行時，同時偵測PCR反應的增幅趨勢（程度），來計算原反應物之特定DNA含量。在一定時間內，越快達到最大增幅趨勢（程度）者，表示原反應物中特定DNA含量較高。通常PCR反應的增幅趨勢（程度）偵測，是利用在PCR反應中加入會隨反應進行而釋放螢光之探針，在PCR反應進行同時偵測螢光釋放量，螢光釋放量即可代表PCR反應的增幅趨勢（程度）。
(四)基因改造食品檢驗種類與品系：
基因改造食品依品系而訂定，其檢驗方法可至衛生福利部食品藥物管理署網站(http://www.fda.gov.tw/) > 業務專區 >
研究檢驗 >
建議檢驗方法查詢。
(五)基改食品檢驗相關資料：
1.101年台灣市售基因改造食品標示調查
2.102年台灣市售基因改造食品標示調查
3.103年台灣市售基因改造食品標示調查
4.基因改造食品查驗登記檢體及檢驗方法標準作業程序
5.104年台灣包裝食品含基因改造食品原料標示調查結果
6.105年包裝及散裝食品含基因改造食品原料標示調查結果
7.106年包裝及散裝食品含基因改造食品原料標示調查結果
8.107年包裝及散裝食品含基因改造食品原料標示調查結果
9.108年包裝及散裝食品含基因改造食品原料標示調查結果
10.109年包裝及散裝食品含基因改造食品原料標示調查結果
11.110年包裝及散裝食品含基因改造食品原料標示調查結果
12.111年包裝及散裝食品含基因改造食品原料標示調查結果