辦理登記證登記之機構名稱、地址、負責人改名或管理人改名時 ，應準備1.管制藥品登記證變更登記申請書2.機構或業者設立許可文件影本(依經營業別)3.機構或業者負責人之身分證明文件影本4.管制藥品管理人之資格文件影本5.原管制藥品登記證6.繳交規費新台幣1000元整，請至郵局購買『郵政匯票』，受款人抬頭請署名為『衛生福利部食品藥物管理署』(103年7月1日開始)，將1.2.3.4.5.6.資料送各縣市衛生局(所)(稽查分隊)，查核應備文件齊全後，再將申請案轉報食品藥物管理署辦理管制藥品登記證變更登記作業。

辦理登記證登記之負責人(限公立或法人)、管制藥品管理人變更時，應備具1.管制藥品登記證變更登記申請書、2.機構或業者設立許可文件影本(依經營業別)3.機構或業者負責人之身分證明文件影本4.管制藥品管理人之資格文件影本5.原管制藥品登記證、6.管制藥品收支結存資料(網路申報者免附)及7.繳交規費新台幣1000元整，請至郵局購買『郵政匯票』，受款人抬頭請署名為『衛生福利部食品藥物管理署』(103年7月1日開始)，備妥上述1.2.3.4.5.6.7.資料送各縣市衛生局(所)(稽查分隊)。『地方衛生主管機關』先行查核管制藥品收支結存申報資料，再將資料傳真『食品藥物管理署』經流通科複審通過，由證照科解除醫事管理註記後，通知『地方衛生主管機關』，再將申請案轉報食品藥物管理署辦理管制藥品登記證變更登記作業。