衛生署依據「海峽兩岸食品安全協議」，組團派員，於本（98）年3月4日至6日赴大陸深圳，與大陸衛生部及質量監督檢驗檢疫總局負責人員進行會談。雙方對於兩岸食品安全法規、管理架構、檢驗系統及進出口監督體系等議題充分進行交流，並達成以下共識：
一、 未來兩岸食品安全業務主管部門每年舉行兩次會議，就影響兩岸民眾健康之食品安全議題進行討論。
二、 未來雙方依據議定之格式相互通報法規及事件資訊。
三、 發生緊急事件或是在邊境查驗發現之不合格事件，將立即向對方通報，以利他方進行追查，並隨時更新追查進度。
四、針對因三聚氰胺事件被暫停進口之產品，大陸需說明不合格原因，並提出改善計畫及預防措施。
五、對於因三聚氰胺事件受損之廠商求償事宜，已請海協會及相關部門，具體提供協助，並積極督促廠商履行責任。
本次會議會談氣氛融洽，對於雙方管理制度已有整體性瞭解，未來透過制度化之會談，將有助於進口食品源頭管理，及促進食品安全資訊之透明化，期能有效率的解決問題，降低大陸進口食品的危害風險，保障全體國人食品消費安全。