行政院為確保國人飲食安全、推動食品安全政策，解決突發重大食品安全事件，於民國98年8月核定成立「行政院食品安全會報」，主要功能是提供行政院針對食品安全政策、食品安全制度及其他食品安全重要事項的諮詢。委員除相關部會首長外，也包括專家、學者、民間機構及消費者團體代表等。會報由行政院副院長擔任召集人，衛生福利部部長擔任執行秘書，幕僚作業由衛生福利部負責，每6個月召開一次，必要時得召開臨時會議。 

民國100年6月，因應食品遭塑化劑惡意污染事件，行政院為創造安心消費環境，維護國人飲食用藥安全，特核定設立「行政院食品藥品安全專案會報」，由院長擔任召集人，副院長擔任副召集人，會報成員包括行政院政務委員、秘書長及各有關部會首長。 

民國102年8月，為配合行政院任務編組運作情形檢討，將「行政院食品藥品安全專案會報」整合併入「行政院食品安全會報」，「行政院食品安全會報」名稱並修正為「行政院食品藥品安全會報」，由副院長擔任召集人，委員包括相關部會首長、專家學者、相關民間機構與消費者團體代表。衛生福利部部長兼任會報執行秘書，幕僚作業由衛生福利部負責，每6個月召開會議一次，必要時，得召開臨時會議。 

民國104年2月13日，依食品安全衛生管理法訂定「行政院食品安全會報設置要點」，成立「行政院食品安全會報」，由院長擔任召集人，副院長擔任副召集人，委員包括相關部會首長、專家學者、相關民間機構與消費者團體代表；視議題需要，得邀請相關機關代表、其他專家學者與民間機構及團體代表列席，並視需要成立專案小組。幕僚事務由衛生福利部負責，每3個月召開1次會議，必要時得召開臨時會議。