為加強消費者安全與衛生之保障，化粧品應符合衛生福利部公告之「化粧品微生物容許量基準表」規定，包括生菌數（依產品類型）及不得檢出菌種。
成品應依廠內允收基準逐批抽樣執行微生物檢驗，不得減免為原則；若有足夠嚴謹且具科學性之評估資料佐證微生物污染風險低（確保產品衛生安全），其檢驗得採彈性作法（部分批次減項）。
前述評估資料可考慮以下事項：
(1) 產品屬性及特性，如劑型、配方、製程、密封方式、用途（如使用部位及族群）等。
(2) 原物料品質，如製造廠及供應商評估、防腐劑效力及含量、製程、配方、密封方式、負荷菌等。
(3) 生產環境及支援系統（如空調系統、生產用水處理系統及壓縮空氣系統等）。
(4) 管理階層及從業人員，如品質承諾、遵守規定、訓練、衛生及健康管制等。
(5) 產品歷史檢驗數據。
(6) 偏差事件根本原因及改善情形。
(7) 產品申訴及回收，如瑕疵原因及趨勢。