一、背景：
依據WHO、FAO及OECD發展出來的安全評估原則，並參考日本、美國等先進國家的管理經驗，衛生福利部於89年11月7日訂定「基因改造食品安全評估方法」，用以評估基因改造食品與既存食品是否等同或類似，其評估範圍包括基因改造食品的本身安全及製程安全，涵蓋該食品之遺傳物質、人類食用之經驗及歷史、食品成分、新品種與已知品種在使用上差異的各項資料，評估項目包括產品的特性、過敏誘發性、營養成分、抗藥性及抗生素標識基因等資料。
為因應未來可能開發上市之新型基因改造原料特性，與國際規範接軌，並參考國際法典委員會(CODEX)規定，分別於97年8月20日及99年9月9日，二次增修評估項目，增加項目包括基因改造植物產品之營養組成變異等相關資料，另針對混合型基因改造黃豆及玉米原料，也在97年5月6日發布「混合型基因改造食品安全性評估原則」。
為審查國內之基因改造食品，衛生福利部已聘請分子生物、農業化學、毒理學、免疫學、營養學、生物化學、微生物學、醫學、生物技術及食品科學等相關學術領域中之專家學者，組成「基因改造食品審議小組」，分成基本資料組、營養組、過敏組及毒性組，針對業者之申請案，依產品的特性、過敏誘發性、營養成分、抗藥性及抗生素標識基因等資料，依據前述安全性評估方法逐案嚴格審查，並藉以檢驗確認該轉殖品系之基因表現情形，確保基因改造食品安全無虞，始核准其輸入我國。
依103年2月5日總統令公布修正食品安全衛生管理法，已納入食品所含之基因改造食品原料，應經中央主管機關健康風險評估審查之規定，提昇基因改造食品管理規範位階。
二、法源依據：
(一)、90.2.22公告基因改造黃豆及玉米應向中央主管機關辦理查驗登記。
(二)、依103.2.5總統令公布之食品安全衛生管理法，基因改造食品原料非經健康風險評估審查，並查驗登記許可，不得供作食品原料，本法修正前，未辦理查驗登記者，應於公布後2年內完成辦理。
三、基因改造食品查驗登記申請之相關規定、審查中之案件清單及通過審查之基因改造食品原料，可查詢下列路徑:
本署首頁 > 業務專區 > 食品 > 食品查驗登記管理 > 基因改造食品
四、基因改造食品審查：
(一)、基因改造食品審議小組：
(1)、為審查國內之基因改造食品，衛福部聘請分子生物、毒理學、免疫學等相關學術領域中之專家學者，組成審議小組。本小組置專家十七人至二十三人，其中一人為召集人，一人為副召集人，任期二年。
(2)、審查重點：
審議小組針對業者之申請案，依產品之殖入基因特性、過敏誘發性、一般營養成分及關鍵組成分分析、哺乳動物餵食試驗等資料，依據前述安全性評估方法逐案嚴格審查，並藉以檢驗確認該轉殖品系之基因表現情形，確保基因改造食品安全無虞。