壹、南區管理中心轄管縣市
高雄市、臺南市、嘉義縣、嘉義市、屏東縣、澎湖縣、金門縣
貳、南區管理中心業務內容
第一科(流通稽查檢驗科)
一、食品、藥品、醫療器材及化粧品流通稽查及檢驗之規劃、管理及執行。
二、緊急重大食品衛生安全事件之稽查抽驗、規劃及執行。
三、市售蔬果農藥殘留監測計畫之規劃及執行。
四、督導地方衛生主管機關執行食品流通稽查與檢驗之業務。
五、協助地方衛生主管機關食品中毒案件檢驗。
六、配合本署各業務組(中心)施政規劃，協調地方衛生主管機關執行業者稽查與產品抽樣。
七、食品涉刑罰案件與檢警調協同稽查。
八、其他相關流通稽查及檢驗事項。
第二科(進口查驗管理科)
一、食品、藥品、醫療器材及化粧品之輸入查驗、檢驗與報驗發證業務之規劃、管理及執行。
二、產品查驗之海關及其他機關聯繫。
三、協助食品、藥品、醫療器材及化粧品之通關作業。
四、配合業務組有關輸入食品、藥品、醫療器材及化粧品邊境管理之執行。
五、其他有關產品輸入查驗事項。
第三科(食品工廠查核科)
一、綜理食品製造業者查核業務之推動與督導。
二、規劃食品製造業者查核專案執行之落實與推行。
三、督導地方衛生機關食品製造業者查核業務之管考與追蹤。
四、整合南區赴國外食品製造業查廠計畫之資源與規劃。
五、輸入業者產品通關後流向追蹤與稽查。
六、其他食品製造業者查核相關業務及其他臨時交辦事項。