衛生署在「海峽兩岸食品安全協議」之架構下，分別於本（99）年9月6日至9日在臺北與大陸衛生部召開「第四屆海峽兩岸食品安全業務主管部門專家會議」；及9月27日至29日在臺北與大陸質量監督檢驗檢疫總局召開「海峽兩岸食品安全協議-進出口食品安全第一次會議」。
與大陸衛生部的食品安全業務主管部門會議中，雙方就農藥安全進行深入且專業之討論，並達成建立「海峽兩岸食品安全快速通報系統」；陸方於100年底前完成低風險性食品中微生物限量標準之修訂；雙方相互提供農藥殘留監測相關資訊等具體共識。對於三聚氰胺求償乙案，我方亦在會中再度提出，請陸方繼續促請有關部門協處，儘速推動雙方廠商面對面溝通協調。
農藥殘留監測是源頭管理中重要的一項，亦是民眾高度關切的議題，為進一步瞭解兩岸的源頭管理標準及制度，本次會議期間特舉辦「海峽兩岸殘留農藥監測及管理研討會」，由兩岸專家學者分別就農藥殘留安全容許量標準的作物分類、農藥登記管理與限量標準制定、食品中殘留農藥之檢驗方法開發及監測制度等議題進行專題演講；並邀請臺灣食品相關研究機構、公協會及業者參加，約190人共同與會，透過此次會議專業而深入的交流與討論，可協助臺灣農產品生產業者與食品廠商瞭解兩岸食品安全規範之差異性，以促進高品質食品之流通，對加強兩岸食品安全管理合作與兩岸經貿往來，是相當穩健的基礎。
與大陸質量監督檢驗檢疫總局之進出口食品安全會議，為兩岸就進出口食品安全議題之首次會商，雙方就兩岸進出口食品管理業務、兩岸訊息通報與改進管理措施，及兩岸食品之准入問題等進行實質而專業之討論，雙方同意未來進出口食品安全會議每年舉行一次定期會商，分別於臺灣及大陸兩地輪流舉辦，並依商定之「海峽兩岸食品安全快速通報作業要點」進行通報，另視需要互組專家團，規劃實地考察，辦理對外風險溝通，增加消費者的了解和信心。未來兩岸食品安全主管部門之專家，將透過制度化之互訪及會談，賡續完善進口食品源頭管理，及促進食品安全資訊之透明化，期能有效率的解決問題，提升雙方進出口食品品質與安全，保障兩岸人民安心消費。