在我國基因改造食品的標示，是採取強制及自願標示並行之制度。依據衛生署 90年2月22日公告「以基因改造黃豆及基因改造玉米為原料之食品標示事宜」，以基因改造黃豆或基因改造玉米為原料，且該等原料佔最終產品總重量百分之五以上之食品，應標示「基因改造」或「含基因改造」字樣，並依照產品加工程度，分3年3階段逐步實施，92年起為農產品型態之黃豆及玉米，93年起為以黃豆、玉米為主原料之初級加工食品，94年則為其他較高層次含黃豆、玉米之加工食品。
至於非基因改造食品不需標示，若自願標示，仍應遵行真實且不誤導之基本標示規範。