一般消費大眾會認為，傳統的食品歷史悠久，相當安全。用傳統方式開發新食品，有好也有不好，偶而引起當局關切，但通常很少嚴格管理。實際上，傳統農業育種技術研發的新食品，幾乎都不要求要進行安全性評估。
對於基因改造食品，目前大多數國家都採取特別的評估措施，必須通過以科學為基礎的評估，認為沒有安全性方面的問題後才准上市。評估的項目大致上可以分為對人體健康的風險，與對環境生態的風險兩大項。
就整個國際趨勢而言，世界衛生組織所運作的「食品安全計畫」，亦將基因改造食品列為必須進行安全性評估的項目，並提供適當完善的評估方法，以協助各國政府部門順利執行食品安全性評估。