衛生福利部食品藥物管理署(以下簡稱食藥署)基於保障消費者健康及食用安全之考量，於106年10月19日以衛授食字第1061302521號預告限制「糞腸球菌(Enterococcus faecalis)及屎腸球菌(Enterococcus faecium)不得作為食品原料使用」草案，該草案將進行為期60天之預告評論期，以蒐集各界意見。

　　糞腸球菌及屎腸球菌為腸球菌屬(Enterococcus)的主要菌種之一，過去曾被歸類為益生菌，惟聯合國糧食及農業組織與世界衛生組織聯合工作小組(Joint FAO/WHO Working Group)重新評估後，基於腸球菌菌株具有萬古黴素(vancomycin)之抗藥性，且部分具有抗萬古黴素抗藥性基因之腸球菌菌株與醫院院內感染相關，因此不建議再將腸球菌作為益生菌供人類使用。食藥署為使腸球菌之管理與國際接軌，更為保障民眾健康之考量，擬定預告草案，將自中華民國107年7月1日起(以製造日期為準)，限制「糞腸球菌(Enterococcus faecalis)」及「屎腸球菌(Enterococcus faecium)」不得再供為食品原料使用。