現行可檢驗魚油中EPA及DHA之衛福部公告檢驗方法，包括「魚油中之二十碳五烯酸及二十二碳六烯酸之檢驗方法(MOHWA0001.01)」及「食品中之脂肪酸檢驗方法(MOHWO0014.00)」，前者適用於魚油中二十碳五烯酸及二十二碳六烯酸之檢驗，層析時間約需15分鐘；後者則適用於食品中各脂肪酸包括順式多元不飽和脂肪酸之檢驗，層析時間約為100分鐘。兩種方法採用之內標及層析條件不同，但檢驗魚油中EPA及DHA之含量結果相當。若僅針對魚油中EPA及DHA含量分析，考量層析時間差異，採用「魚油中之二十碳五烯酸及二十二碳六烯酸之檢驗方法」即可。