一、國際組織對基因改造食品之安全性評估原則―「實質等同」（substantial equivalence）
在1990年聯合國糧農組織(FAO)/世界衛生組織(WHO)的諮詢會中曾針對生物科技食品之安全評估進行討論，建立了基因改造食品與某一可被接受的食品安全標準相互比較的觀念。之後，經濟合作及發展組織(OECD)將此觀念更加詳細敘述並發揚光大，提供了「實質等同」的觀念作為該類食品安全評估的重要依據。
FAO/WHO及OECD兩者皆有以「實質等同」觀念做為安全評估過程的一部分，即認為對人類消耗性食品的安全性考量是根據在預期狀況下使用不會造成傷害原則。傳統上，依據長時間的經驗，食品以傳統方式生產及使用被認為是安全的。原則上，食品一般都被視為是安全的，除非它們具有明顯的危險性。如果一種新的食品或成分與一種傳統的食品或成分「實質等同」（即它們的分子、成分與營養等數據，經過比對而認為是實質相等），則該種食品或成分即可視為與傳統品種同樣安全。惟當基因改造食品或其成分顯著不同於傳統者，則須進行如同其他非傳統食品來源之食品所作的安全評估。
國際食品法典委員會(Codex)於2003年公布基因改造植物與微生物食品之安全性評估規範，並於2008年公布基因改造動物食品之安全性評估規範，供各國訂定基因改造食品安全性評估方法參考。依國際食品法典委員會公布之安全性評估規範(CXG 45-2003)，生物技術食品上市前應先進行風險評估。對於基因改造食品，建議以個案方式(case-by-case)進行考量，並以科學為基礎，階段性評估為前提，實質等同(substantial equivalence)為原則，與傳統對照食品(conventional counterpart)進行比較式評估，比對分析分子特性、關鍵成分之組成、毒性、致敏性、代謝物及營養變異等項目是否有差異，如有差異，則進一步評估是否為預期或非預期效應，以及是否對人體健康產生影響。
二、美國
（一）根據1992年5月29日美國食品藥物管理局(FDA)公告有關新品種農產食品之政策（Statement of Policy：Foods Derived from New Plant Varieties），認為經遺傳基因改造成之農產品視同傳統耕作農產品，根據現有之科學認知，若該類基因改造農產品與傳統方式生產之農產品並無重大不同時，該基因改造食品在食用上則無安全之虞。
（二）美國對基因改造食品並未訂定特別之管理法規，認為業者有義務提供安全之食品。對於未上市的基因改造食物係以「實質等同」為原則，比較基因改造食品與傳統食品，只要二者實質等同，此基因改造食品對消費者的健康即不致造成危害，因此未規定基因改造食品上市前須先取得核准，而是採取自願性諮商的方式，幫助業者在上市前確保其產品是安全且合法的，如評估產品是否產生新的毒素或過敏原，以及營養組成是否與傳統食品相同等。在實務運作時，FDA要求基因改造食品的開發廠商在開發過程中隨時向其報告諮詢，以確定產品安全無虞。
三、加拿大
加拿大將基因改造生物所衍生之食品視為新穎性食品(novel foods)管理，新穎性食品須於上市前進行風險評估，其評估依循OECD、FAO、WHO、Codex發展之「實質等同」原則，與具有安全使用歷史之傳統對應物進行比較式評估，並考量其預期與非預期效應，目的在確認是否會較傳統對應物產生新的或改變的危害。若鑑定結果顯示可能具有與營養或食品安全相關之新的危害，則應進一步評估對人體健康之影響。
四、歐盟
歐盟制訂基因改造生物規範之架構為在安全前提下確保生物技術之發展，針對基因改造生物之上游、中游至下游訂有專法管理。基因改造食品於上市前須進行風險評估，歐盟的風險評估策略係在傳統育種作物已有安全食用歷史的基礎上，將基因改造植物及其衍生的食品與其相對應的傳統育種作物進行比對，評估其分子特性、毒性、致敏性、營養組成及非預期效應等。
五、日本
日本為確保應用DNA重組技術的基因改造食品之安全性，在進口和銷售基因改造食品前，必須進行安全審查。「基因改造食品(種子植物)之安全性評估規範［遺伝子組換え食品（種子植物）の安全性評価基準］」指出，在評估基因改造食品的安全性時，須評估該食品對人體的影響，除直接的健康的危害外，還有長期食用的營養風險。此外，必須盡可能排除非預期反應導致產生有害物質的可能性。因此，基因改造食品（種子植物）的安全性評估係建立在與傳統品種進行比較的概念下進行，重點考慮使用DNA重組技術改變作物特性所帶來的風險，包含有害物質的增加及主要營養成分改變對人體健康的影響等。
六、紐澳