北區管理中心
壹：各區管中心有關流通稽查檢驗、進口查驗管理等相關業務之協調。
貳：各科業務內容如下：
第一科（台北辦公室；轄管縣市: 基隆市、台北市、新北市、桃園市）
一、食品、藥品、醫療器材及化粧品流通稽查與檢驗之規劃、管理及執行。
二、輸入產品通關後流向追蹤與稽查。
三、食品涉刑罰案件與檢警調協同稽查。
四、緊急重大食品衛生安全事件之稽查抽驗、規劃與執行。
五、督導地方衛生主管機關執行食品流通稽查與檢驗之業務。
六、配合本署各業務組(中心)施政規劃，協調地方衛生主管機關執行業者稽查與產品抽樣。
七、配合基隆港辦事處辦理輸入產品申報不符合事項之裁處。
八、其他流通稽查及檢驗相關事項。
第二科（東部辦公室；轄管縣市: 宜蘭縣、花蓮縣、台東縣）
一、食品、藥品、醫療器材及化粧品流通稽查與檢驗之規劃、管理及執行。
二、食品中真菌毒素後市場監測計畫規劃及執行結果分析。
三、輸入產品通關後流向追蹤與稽查。
四、食品涉刑罰案件與檢警調協同稽查。
五、緊急重大食品衛生安全事件之稽查抽驗、規劃與執行。
六、督導地方衛生主管機關執行食品流通稽查與檢驗之業務。
七、配合本署各業務組(中心)施政規劃，協調地方衛生主管機關執行業者稽查與產品抽樣。
八、協助地方衛生主管機關食品中毒案件之檢驗
九、其他流通稽查及檢驗相關事項
第三科（基隆港及臺北港）
一、食品、藥品及醫療器材之輸入報驗、審查、臨場查核、抽樣、檢驗與報驗發證業務之管理及 執行。
二、輸入產品通關審核業務:
(一)輸入食品申請先行放行。
(二)輸入食品藥物申請具結先行放行
三、配合其他業務組有關輸入產品之施政規劃，執行輸入產品之查驗
第四科（桃園國際機場）
一、食品、藥品及醫療器材之輸入報驗、審查、臨場查核、抽樣、檢驗與報驗發證業務之管理及 執行。
二、輸入產品通關審核業務:
(一)輸入食品申請先行放行。
(二)輸入食品、藥品及醫療器材申請具結先行放行
三、配合其他業務組有關輸入產品之施政規劃，執行輸入產品之查驗
第五科（台北辦公室）
一、輸入產品查驗業務之綜合規劃及協調。
二、食品及相關產品輸入查驗辦法之增修訂。
三、兩岸邊境查獲不符合食品資訊通報聯繫窗口。
四、其他專案申請輸入產品之通關審核業務。
五、其他有關產品通關業務。
第六科（台北辦公室；轄管縣市:基隆市、台北市、新北市、桃園市）
一、國內食品製造加工查核檢驗之規劃、管理及執行。
二、督導及協調地方衛生主管機關食品工廠之稽查。
三、食品製造加工廠海外查核之規劃、管理及執行。
四、工廠查核業務與人員訓練之規劃及推動。
五、受理業者申辦外銷經加工食品(添加物)之英文衛生證明、加工衛生證明、檢驗報告及自由銷售證明。
六、其他有關食品工廠查核事項。