惟諮詢電話線數有限，且僅於一般上班時間提供服務，若有醫療器材查驗登記相關問題，可先參考本署網頁「首頁>業務專區>醫療器材>許可證申請、變更、展延>查驗登記準備文件說明及參考資料」(http://www.fda.gov.tw/TC/site.aspx?sid=2200)，或常見問題網頁(http://www.fda.gov.tw/TC/site.aspx?sid=315)；若為已送件申請之案件請詢問案件，可於每週二、三、四上午案件諮詢開放時段，詢問案件承辦人員。
另諮詢專線滿線或無法接通時，亦可於語音系統留言，或於醫藥品查驗中心「線上諮詢專區」(https://www1.cde.org.tw/workflow/ONLINEcons/applyform.php (另開視窗))敘明問題，會有專人回覆。
本署亦培訓「醫療器材法規諮詢輔導種子人員」，提供初階法規問題諮詢服務(目前暫不包含通關及專案進口業務)，人員名單可參考本署網頁(http://www.fda.gov.tw/TC/siteContent.aspx?sid=2863)。