「台日醫藥交流會議」為102年11月由「台灣日本關係協會」及「日本台灣交流協會」簽署「台日藥物法規合作框架協議」下，所建立之交流平台，由我國衛生福利部食品藥物管理署與日本厚生勞動省(MHLW) 及獨立行政法人醫藥品醫療機器綜合機構 (PMDA)成立官方工作小組，每年並輪流辦理研討會。在此合作框架下，雙方成立之藥品及醫材相關工作小組，持續進行相關議題討論及資訊交流等合作。