為強化紅麴製品製造業者衛生管理，衛生福利部食品藥物管理署(下稱食藥署)於105年9月22日訂定「紅麴製品之食品製造業者良好衛生作業指引」，該指引於105年7月14日預告草案，提供14天評論期，經彙整各界意見後正式發布。
紅麴製品於發酵過程中，若環境衛生及發酵條件不佳，容易產生橘黴素。因此除一般衛生要求符合食品良好衛生規範準則外，業者可參考「紅麴製品之食品製造業者良好衛生作業指引」注意菌種管理、製麴管控、原料及成品的貯存等。業者應以完整包裝為原則，以「冷藏」方式運銷貯存，確認所使用的原料及產品符合「食品中真菌毒素限量標準」。
本作業指引可至食藥署網站(http://www.fda.gov.tw)之「公告資訊」下之「本署公告」查詢。